Sus investigaciones sobre la interpretación de la música antigua le ha llevado a desarrollar numerosos proyectos discográficos. Sus grabaciones, como la integral de la obra para órgano de Diderik Buxtehude han sido recogidos por la prensa musical, como interpretaciones de referencia. En 2005 se emplea en dar a conocer la obra inédita para órgano de Michael Praetorius. Este registro recibió el choc du mois du Monde de la Musique, le jocker de Crescendo y el premio de laDeutsche Schallplattenkritik.
Invitado por numerosos y reputados festivales (la Roque d’Anthéron, Toulouse les Orgues, Bach en Combrailles, St-Maximin, Musique et Mémoire, Masevaux, Contrepoint 62, Basse Navarre…) Jean-Charles Ablitzer participa igualmente en emisiones de radio y televisión.
Trabaja en formaciones barrocas en calidad de continuo. En 1986, la Fondation Royaumont le nombra organista del conjunto Il Seminario Musicale. También colabora regularmente con el barítono Joseph Cabré.
Jean-charles Ablitzer ha participado en Belfort en la iniciativa de la construcción de dos instrumentos complementarios al de la catedral de Saint-Christophe: el órgano italiano de la iglesia Sainte-Odile Saint-Christophe y el órgano nórdico del templo Saint-Jean (M.Garnier 1984) que se han revelado de gran valor pedagógico en la cátedra de enseñanza que ha impartido desde en el Conservatoire de Musique de Belfort de 1971 à 2007.
Ha estado en el origen de un fabuloso proyecto de envergadura internacional : la rehabilitación renacentista del órgano mítico del castillo de Groningen en Alemania y la reconstrucción y la reconstrucción del instrumento tocado por Michael Praetorius desde 1596.
En 2000 , Jean-Charles Ablitzer ha sido nombrado Chevalier de l’Ordre des Arts et Lettres por el ministerio de Cultura y de la Comunicación y en 2010 Chevalier de l’Ordre National du Mérite